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武汉大学:纳米孔靶向测序检测法最快10分钟“捕

来源:原创 编辑:admin 2020-07-05 07:18 | 标签:|
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  自新型冠状病毒性肺炎COVID-19疫情爆发以来,截至3月1日,全球累计确诊超8万人,死亡近三千例,但仍存在许多临床疑似病例无法确诊。武汉大学联合团队创新性开发了纳米孔靶向测序检测方法,能大幅提升病毒阳性检出率,并能实现当天同时检测新冠和其他10大类、40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变。

  既往新冠病毒诊断依赖于qPCR核酸检测,但是该方法显示出较高的假阴性率和低敏感性,阳性检出率仅为30%至50%,从而导致临床高度疑似新冠感染患者或低病毒潜伏的“假痊愈患者”检测“假阴性”现象频发。此外,qPCR核酸检测无法同时检测其他秋冬季高发、症状与新冠相似的其他呼吸道病毒,给疫情防控和患者分流管理带来极大挑战。

  身处疫区一线的专家学者看在眼里,急在心里。武汉大学药学院刘天罡教授,武汉大学人民医院李艳教授、余锂镭教授,武汉臻熙医学检验实验室有限公司总负责人付爱思博士等迅速组建联合团队,创新性开发了纳米孔靶向测序(Nanopore Targeted Sequencing, NTS)检测方法。NTS结合了病毒靶向扩增和纳米孔测序长读长、实时数据输出的优势,首次实现测序后4小时内高敏感性、高准确性同时检测SARS-CoV-2和其他10大类、40种呼吸道病毒,其最低检测限高于目前广泛使用的qPCR的100倍。同时,该方法还可实现对新型冠状病毒基因组变异情况进行检测,监控病毒变异引起的毒性与传播能力改变的情况。

  3月3日,团队将在预印版平台medRxiv发表题为Nanopore target sequencing for accurate and comprehensive detection of SARS-CoV-2 and other respiratory viruses(《纳米孔靶向测序精准全面检测新冠病毒以及其他呼吸道病毒》)的研究论文。

  

  团队在武汉新冠病毒定点医院利用NTS进行检测

  团队研发的NTS技术的特点在于:它不局限于中国或美国疾病控制中心(CDC)目前在qPCR方法中推荐的位点,而是将检测范围扩大到9个基因、12个位点,近10 kb区域,全面覆盖病毒基因组上主要基因区域,100%覆盖病毒基因组上毒力相关的重要基因,检测病毒基因组范围提升100倍,从而显著提高检测敏感性和准确性。而qPCR方法仅针对病毒基因组上2-3个位点进行检测分析,覆盖<0.5%病毒基因组,样本在采样、存储、检测过程发生中稍有偏差,会导致仅针对少数基因位点的PCR检测手段的效率降低,甚至漏检,造成“假阴性”,且检测区域一旦发生变异,会造成检测结果失效。

  

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